Работы по перевооружению Хабаровского НПЗ стартовали в 2000 -х после того, как завод вошел в «Группу Альянс». Объем капиталовложений на реконструкцию составил 76 млрд руб. В результате завод-ветеран был перестроен без остановки действующего производства в современный нефтеперерабатывающий комплекс.
5 июня об этом было объявлено на заседании комиссии по топливно-энергетическому комплексу в Астрахани. По словам президента «Группы Альянс» Мусы Бажаева, в результате модернизации завод освоил выпуск автобензинов и дизельного топлива класса 5, а также авиационного топлива международного стандарта «Джет А-1». При этом завод продолжает поставки для Минобороны, для ЖКХ, в рамках Северного завоза, и на экспорт в Китай и в страны АТР.
Благодаря проведенной реконструкции Хабаровский НПЗ, в настоящий момент, становится одним из ведущих предприятий нефтеперерабатывающей промышленности России, с наилучшими технологическими и экономическими показателями. Среди них мощности современной установки гидрокрекинга, которые позволят выпускать 650 тыс. тонн автобензинов стандарта Евро-5, 1 млн. тонн дизельного топлива стандарта Евро-5, 400 тыс. тонн авиакеросина ТС-1 и Jet A-1.
В 2008 году началось сотрудничество Хабаровского НПЗ с Группой Компаний «Проектная Практика» по проекту создания и развития системы контроля графиков работ строительных проектов и проектов реконструкции , в ходе которого была разработана и внедрена информационная система и соответствующая нормативно-регламентная база. Внедрение информационной системы выполнялось в несколько очередей, по мере совершенствования процессов управления проектами компании и включения интеграционных компонентов.